Shelley (twice)

Oui je sais cher lecteur, tel le Dr. Frankenstein devant sa créature vous allez vour dire « It’s alive! » en voyant ce nouveau post. Cet exclamation est tout-à-fait juste néanmoins tant ça fait longtemps que je n’ai pas posté. Je n’ai pas vraiment d’excuse autre que le manque de motivation. Ce coup de mou est du à un putain de clonage que je n’arrive pas a faire depuis 3 mois. C’est la première et dernière fois que je dis ce mot maudit dans ce post.

Quelques petites nouvelles rapides donc avant de céder la place à un post plus conséquent qui aura pour thème (une fois n’est pas coutume) les jeux vidéos. Ainsi donc :

• J’ai enfin classé les photos de Prague. Il n’y en a plus 250, juste 121. Elle sont içi.
• Le TdF c’est bon mangez en ! Sorite prévue au printemps 2011 pour la série.
• Quelqu’un d’autre a pus s’écrier « It’s alive ! » dernièrement. Il s’agit du Dr Venter qui a crée la première cellule contrôlée par un génome entièrement artificiel. Les articles a ce sujet fourmillant sur internet je ne vous mettrait que le rapport du New Scientist à ce sujet qui est très neutre et très complet *.
• J’ai appris dernièrement que j’étais le sosie de Paul Savary. Je profite au passage pour saluer la magnifique saison du GSHC. Maintenant faut que la ville ce bouge le cul pour la patinoire ! Les Vernets ou une nouvelle (idéalement).
• Lundi il a fait 27 degrés à Londres. Bonne nouvelle pour la NHS qui va économiser plein de pensions. Je pense que ça fait partie du plan de Cameron pour réduire les coûts.

Rien d’autre ne me vient pour l’instant surtout que j’ai un autre post a écrire. Encore un petit mot avant de partir pour distiller une pensée émue pour Bobbz MacLaren et Ronnie James Dio qui nous on quitté dernièrement.

A+

* Pour ceux qui veulent mon avis, je dirais qu’on est encore loin d’avoir crée de la vie artificielle. Pour celà il faudrait pouvoir créer une cellule de façon chimique pour y mettre le génome. Ce que Venter a fait pour l’instant c’est juste mettre un oeuf dans une poule. En plus c’est pas tellement différent de ce qui ce fait en biologie moléculaire dans beuacoup de labos à travers le monde.

There’s no news today…

Ce blog aurait pourrait (devrait ?) sans doute être renommé ainsi, tant je n’arrive pas a me tenir a son entretien régulier. Pourtant il n’est pas si rare que j’ai un peu de temps à lui consacrer, comme maintenant alors que j’attends 2 heures que ma fixation se fasse. Le manque de sujet n’est pas non plus à blamer, je crois simplement que c’est une question de procrastinationite aigüe, mal très répandu dans les universités, c’est un peu notre maladie nosocomiale a nous. Afin de lutter contre cette spirale infernale, j’ai décider de reprendre en douceur, pas avec des tartines issues des convolution de mon cerveau retord mais avec de petites brèves de ce qui c’est passé depuis la dernière fois classées par catégorie par ce que c’est à la mode ces temps-ci (Oscars et tout ça).

Dans la catégorie « tavieonenarienafoutre.com/chris » :

- J’ai été à Prague le week-end dernier et bien que j’ai adoré, je crois que je n’ai pas été enchanté autant que j’aurais dû. Peut-être à cause de la bouffe tchèque qui apparement consiste à 80% de porc, patates et chou. Je vous mettrais les photos dès que j’aurais fait un peu le tri parce que 250 ça va pas être possible.
- Je joue trop à la Wii et Zelda est une p***. Spéciale dédicace à Jérôme et Julien qui sont venus ce week-end.
- Je me réjouis de revenir à Genève dans moins de 2 semaines. Je ne m’étais pas rendu compte que ça faisais déjà trois mois depuis Nouvel-An. Comme quoi il faut croire que je travaille quand même un petit peu…
- D’ailleurs à propos de travail, il semblerait que celui d’il y a 2 ans ai enfin porté ces fruits, puisque j’ai été publié, là.

Dans la catégorie « sciencequirévolutionnelemonde…oupas » :
- Les dinosaures ressemblaient a de gros poulets. Heureusement pour les producteurs de Jurassic Parc, la science a eu quelque années de retard sur leur film, sinon je doute qu’il aurait eu le même impact.
- Des animaux ont été dans l’espace et sont revenus, « presque » indemnes. Et je vous arrete tout de suite, ils n’avaient pas de combinaison, et oui les tardigrades sont des animaux aussi ; et par conséquent nos amis, ils faut les aimer aussi…
- J’ai été publié, là. Comment ça je l’ai déjà dit.

Dans la catégorie « sciencefictionoupresque » :
- HBO a donné le feu vert à la production de la série télévisée du Trône de Fer, avec notamment Sean Bean (aussi connu sous le nom de Boromir) dans le rôle de Ned. Le casting complet est içi pour ceux que ça interesse. Pour ceux qui ne savent pas de quoi je parle, il est dans de vous (re-)mettre à la lecture. Espérons que la série ne connaisse pas le même sort que Rome.
- Disclaimer : La phrase suivante n’a pas été écrite sous l’emprise de drogues, ni sous la menace. Le nouvel album de Heavenly est plutôt pas mal. Oui oui, vous avez bien lu, un groupe de métal français à fait un bon album…
- Il n’a pas plut à Londres depuis une semaine…
- J’ai été publié, là. Promis j’arrête.

Afin d’être sur de tenir cette promesse je vais m’arrêter là pour aujourd’hui, mais qui sait, demain est un autre jour.

Go for the eyes !

Et oui je suis encore vivant ! En plus j’ai été officiellement « upgradé » the Mphil à PhD suite à 3 mois de galère avec mon rapport et un interview de 1h30 ou l’on m’as demandé, je cite : « Qu’est ce qui d’après toi peut ne pas marcher ? ». Forcément, j’ai répondu que tout pouvais merder… Mais bon il semblerait quand même que j’ai réussi à les convaincre que je peux faire une thèse. Pour rester dans le domaine de la bio, je vias juste dire quelques mots sur la maladie de Stargardt. Outre son nom barbare ) normal c’est un allemend qui l’a découverte, c’est une maladie dégérative qui touche les cellules pigmentaires de l’épithélium rétinien, ce qui je ne vous apprend rien, va conduire à la cécité.

Pourquoi je vous saôule avec ça ? Et bien tout simplement parce que cette pathologie risque bien d’être la première a être traitée (ou du moins dont on va tester un traitement) à base de cellules souches embryonnaires. En effet, dès le printemps, 12 malades vont participer à une première phase d’essais cliniques pendant laquelle ont leur implantera des cellules pigmenteires rétiniennes obtenues par différenciation de cellules souches embryonnaires. Ce n’aurait du être que la deuxième maladie à tester ce genre de traitement, mais les tests sur une certaine forme de paralysie spinale n’ont pas eu les résultats escomptés.

Vous me direz qu’il y a sans doute des maladies plus grave à traiter que Star-truc-muche, et vous aurez sans doute raison, mais quand on connaît tout les obstacles et toutes les emmerdes auquels doit faire face la recherche sur les cellules souches embryonnaires i.e. le gouverment et les groupements religieux (notons que ceci est un pléonasme aux USA), c’est déjà le pied que ça en arrive jusque là. Espérons donc que le test soit concluant et que plein de patients puissent être traités d’ici trois à cinq ans, histoire de faire un exemple sur le bien fondé de ces recherches.

Scottish news

Voilà donc le deuxième article de la journée qui sera un peu le plat de résistance, avec un résumé de l’ISDB que j’ai mentionné ci-dessous. L’ISDB c’est la version courte pour dire le congrès de l’International Society of Developmental Biologists. Le congrès était donc à Edimbourg cette année. Ce qui tombait bien vu que je n’y étais jamais allé. Première constatation, c’est loin, 4h30 de train tout de même. Mais ça pourrait être pire, comme à l’aller ou suite a un problème d’aiguillage, j’ai mis 8 heures pour arriver. Vive les trains anglais… Surtout quand on s’est levé un dimanche matin à 6h30…

Arrivé sur place, je me rends donc en taxi à mon hôtel pour le séjour. Et la premier choc, la taxi me rends un billet de 10 livres tout bizarre. En fait les écossais ont leur propre monnaie, qui vaut exactement la même chose que la livre sterling sauf qu’elle est imprimée en Ecosse sans la reine sur le papier… Enfin bref, j’arrive donc à mon hôtel. Pas vraiment un hôtel en fait puisque j’avais réservé un Bed and Breakfast pour économiser un peu. Un BnB c’est en gros louer une chambre dans la maison de quelqu’un ce qui m’as un peu perturbé, puisque j’avais toujours une vague impression d’être un intrus. Mais heureusement, les habitants étaient très gentils. Le soir j’ai eu la chance qu’il ne pleuve pas pendant le feu d’artifice de clôture du festival. Enfin un brin de chance dans la journée. Le lendemain matin, lundi donc, début de la conférence à proprement parler, je ne vais pas vous ennuyer à mourir avec les détails des speechs et des posters. J’étais un peu stressé, car je devais présenter le mien, mais finalement, tout c’est bien passé. Heureusement que la bouffe était gratuite et qu’il y avait un puits sans fond de café. De plus, je dois avouer que le bâtiment en lui-même avait assez la classe (voir la photo). Le soir, petit pub crawl organisé par les étudiants locaux, mais je dois dire que j’ai été un peu déçu. Tout d’abord il n’y avait pas grand monde, mais en plus la night-life locale est un peu moisie. Le peu de gens qu’il y avait étaient très sympas donc ça à un peu sauvé la soirée.
Le mardi, même topo pour la conférence, avec un peu plus de difficultés à rester éveillé, expliquées par le manque de sommeil, mais aussi parce que c’est dur de subir 20 talks dans la journée. Le soir, sortie au pub avec les collègues du centre. On a été dans un endroit appelé le Lebowski, juste pour le nom. Prenant mon courage à deux mains, j’ai commandé des lasagnes au Haggis. Et bien croyez moi ou non mais c’était super bon. Ok, ce n’était pas le Haggis traditionnel mais tout de même, j’ai été très surpris.

Mercredi, j’ai fait le fainéant et je n’ai assisté qu’à trois talks. Le reste du temps j’ai visité Edimbourg. Ben oui, je n’avais pas eu le temps dimanche à cause du train moisi. En plus il faisait beau (non je ne mens pas). J’ai visité le château et fait tout les trucs touristiques de base, y compris acheter une bouteille de whisky, ce qui m’a valu d’être refoulé à l’entrée de la conférence en fin d’après-midi et m’a forcé à faire un crochet par l’hôtel. Pour les photos c’est par ici. Vous conviendrez sans doute que c’est une très jolie et que le château est totalement imprenable. Le soir, petit resto avec mon neveu et mon demi-frère, de passage à Edimbourg avec un très bon timing.

Déjà jeudi et la fin de la conférence. Mais dans l’ensemble c’était très bien, surtout au niveau scientifique même si je ne vous en ai pas parlé Car ce n’est pas la vocation de se blog rappellons-le.

Old News

Oui je sais, je n’ai pas tenu le rythme de publication que j’avais promis. Mais bon travail, rapport, poster tout ça… D’ailleurs, je n’ai le temps d’écrire ce post que parce que j’ai passé 4h30 dans un train et qu’il fallait bien s’occuper. Donc petit résumé des dernières semaines.

Tout d’abord, vous avez sans doute remarqué l’onglet photos en dessus de la bannière. C’est simplement que j’ai décidé de regrouper sur une seule et même page les liens vers les albums photos que je vais poster ici. Il y a d’ailleurs dans ces albums des photos de Brighton ou nous avons été avec Sacha pendant le mois d’août. C’est un genre de St-Tropez local, mais avec des plages de galets… et en plus froid. A part ça pas grand-chose de neuf si ce n’est un sport bizarre qu’on m’a fait essayer. Mais je parlerais de ça dans un autre poste, car c’est relativement long a expliquer et en plus je suis sensé y retourner dans deux semaines.
A part ça, rien de transcendantal ne s’est passé pendant mon silence radio. Un peu comme dans le grand bleu, s’est calme et un peu chiant au fond. Tiens, on dirait la description des paysages autour de moi lors de l’écriture de ce post ou les champs de blés succèdaient aux champs de choux.

A la demande générale, enfin celle de Pavel surtout, je vous mets aussi mon poster que j’ai présenté à l’ISDB à Edimbourg. Il vous suffit de cliquer ici. Il n’est pas très différent de celui que j’ai présenté au King’s donc je vous épargne le doublon.

Life on Mars

Non, je ne me suis pas réincarné en Sam Tyler pendant le week-end, non plus en David Bowie (heureusement d’ailleurs). C’est simplement qu’aujourd’hui nous allons parler xénobiologie. Comprendre l’étude de la vie d’ailleurs. Alors oui pour l’instant c’est un champ de recherche assez stérile. Note : Veuillez ignorer mon humour stupide de biologiste pour la suite de cet article. Stérile donc, pas parce que les scientifiques n’y croient pas, ce serait même plutôt le contraire, mais parce que pour l’instant la vie d’ailleurs on ne la connait pas.

Pourtant une des hypothèses fondatrices de la xénobiologie est que la vie se serait développée sur Mars avant de venir coloniser la Terre. J’entends déjà les gloussements d’incrédulité s’élever du fond de la salle. Mais je ferai fi puisqu’ils n’ont pas lieu d’être. En effet, il y a bien longtemps, Mars était en théorie capable d’abriter la vie, avec une atmosphère et des mers contenant juste ce qu’il faut des ingrédients nécessaires à la formation d’ARN. Rappellons que si l’on reproduit les conditions de la Mer terrestre pré-vie et que l’on y fait tomber la foudre, de l’ARN se forme spontanément. Donc sur Mars c’est possible aussi. Mais ce qui est important c’est que Mars possédait ces conditions vie-friendly bien avant la Terre et que la vie aurait pu s’y développer bien plus tôt.

Ensuite imaginons une bactérie, appellons la Noémie, par exemple. Noémie vaque donc à ses occupations sur Mars. Et là, c’est le drame, un violent impact de météorite et Noémie s’embarque pour un aller-simple vers la Terre. Et comme elle est trop forte Noémie (c’est le héros de l’histoire en même temps…) elle fait une spore et résiste au voyage et découvre peu après son nouveau HLM. Comme elle n’est sans doute pas partie toute seule (déjà des problèmes d’immigration à l’époque…) elle continue avec ses copines son voyage évolutif qui quelques millions d’années plus tard aboutira au résultat que l’on sait.

Pourquoi je vous parle de tout ça ? Et bien, tout récemment, des chercheurs de la Nasa, du Goddard Space Flight Centre au Maryland, ont analysé les débris flottant dans la queue de la comète Wild 2, ramenés sur Terre par la sonde Stardust. Je vous passe les détails de la récolte, mais les chercheurs ont découvert dans les résidus des traces de glycine. Pas la fleur évidemment, mais l’acide aminé. Cette comète trimballait donc derrière elle une des composantes essentielles de la vie (les acides aminés étant les pièces permettant de fabriquer les protéines). Tout ça ne nous dit bien sûr pas si Noémie a réellement existé, mais plutôt que la xéno-vie est bien plus probable que certains ne le pensent, mais aussi que certains éléments fondamentaux de la vie peuvent avoir une origine spatiale. Bien sûr on s’en doutait déjà mais c’est agréable d’avoir un indice de plus.

Voilà c’est tout pour aujourd’hui…

PS : Comme j’ai rien contre lui finalement, je vous mets quand même un petit coup de David Bowie…

Move your body

La cour d’appel de Paris vient de prendre un décision assez étrange. En effet, elle vient d’interdire définitivement l’expositon “Our body, à corps ouvert”. Les magistrats ont estimé que les organisateurs n’ont pas pu fournir la preuve de consentements écrits émanant des corps du délit. Du plus ils ont affirmé que l’exposition de cadavres humains est contraire à la décence.

Cette décision est assez spéciale, dans le sens ou tout d’abord, l’exposition a déjà eu environs 30 millions de visiteurs à travers le monde, y compris dans deux autres villes françaises, Lyon et Marseille. En ce qui concerne l’histoire des consentements, c’est assez tendancieux, comment prouver les consentements tout en se pliant au secret médical qui doit être respecté aussi? Je suis d’accord qu’étant donné que la plupart des cadavres viennent de Chine, il y a fort a parier que qu’on les a tirés d’une prison et fusillés au nom de la science. D’un autre côté il valait peut-être mieux pour eux non? Si aux contraire ces gens en vraiment donné leur corps à la science, je ne vois pas au nom de quoi on pourrait interdire cette expo. En plus, le rapport à la mort est tout a fait différent en Chine de celui que nous avons en Occident. Reste l’argument de la décence… Mais quand on voit les images qui sont passées tout les jours aux infos, des cadavres plastinés ça fait un peux jardin d’enfants a côté non?

L’homme a toujours cherché a comprendre comment son corps marche, alors pour une fois qu’une expo proposait de le montrer de façon réaliste, je trouve dommage que l’on en empêche… Il plane sur cette histoire l’odeur désagréable de l’obscurantisme mélé au politiquement correct.

T’as pas 100 balles? C’est pour mon ADN…

De l’ADN pour pas un rond. En fait non, plutôt a travers un très petit rond. Et puis en fait si, puisque c’est pas cher en plus. Voilà ce que propose Oxford Nanopore, une boite de biotech basée vous savez où. Ces braves gens ont développé une technique de séquençage coutant moins de 700£ le génome. Comparé au 3500£ auxquelles on est habitués c’est plutôt pas mal… Faut dire que les anglais ont une longue tradition d’analyse et de séquençage de l’ADN à défendre.

Mais comment ils font ? En fait ce qui coutait cher dans le séquençage classique c’est de marquer chaque base d’ADN avec une molécule fluorescente pour l’identifier. Les petits gars de chez Nanopore ont trouvé une autre astuce. Grâce à une enzyme, une exonucléase en l’occurence, non dévoilée (et pour cause…) ils coupent la chaîne d’ADN et font tomber les bases une à une dans un tout petit trou. Le diamètre de l’orifice est de l’ordre du nanomètre et il est parcouru par un champ électrique. Chaque base ayant la propriété d’altérer ce champ électrique de façon spécifique, il suffit d’analyser les variations pour avoir une séquence.

A quoi ça sert me direz vous. Pas à grand chose dans l’immédiat si ce n’est de rendre la recherche génomique plus accessible à un grand nombre de laboratoires. Peut-être aussi que les assurances maladies un jour rembourserons le séquençage de votre génome pour détecter les prédispositions cancéreuse ou les risque de maladies génétiques chez vos futurs enfants. Si vous voulez plus d’infos, je vous conseille de vous rendre sur le site de la compagnie: içi. En plus ils ont un joli petit film explicatif.

Ca fait du bien de pas parler des américains pour changer

Adam et Eve…

… étaient des singes. C’est pas moi qui le dit, ni même Charles Darwin, mais le Vatican. En effet, le Conseil Pontifical pour la Culture, a admis hier que Darwin était sur la bonne voie lorsqu’il a annoncé que l’Homme descendait du singe. L’Église catholique a donc enterré la hache de guerre avec les évolutionnistes. Joli cadeau d’anniversaire, puisque l’on fête aujourd’hui les 200 de Darwin. Le Vatican a donc accepté de cohabiter en paix avec le reste du monde sur le sujet… Ouf! Plus de détails içi. Reste a savoir comment ils vont intégrer ça avec l’histoire des 6 jours…

Je profite également que Darwin soit sous les spotlights pour commencer a réparer une injustice. Je veux parler d’un super-héros de l’évolution injustement méconnu, j’ai nommé Alfred Russel Wallace. C’est d’ailleurs lui en peinture là. Ce naturaliste anglais (lui aussi) devrait être considéré si ce n’est comme le découvreur de l’évolution, au moins comme son co-fondateur. En effet celui-ci a publié plusieurs ouvrages dont : “On the Tendency of Species to form Varieties” et “Perpetuation of Varieties and Species by Natural Means of Selection”. Lesquels proposent les idées de sélection naturelle et d’évolution comme moteur d’apparition de nouvelles espèces. Lesquels ouvrages ont d’ailleurs été lu a la société Linnéenne le 1er Juillet 1858, soit un an avant la publication de “The Origin of Species”, le livre qui a rendu célèbre Darwin. Il est d’ailleurs intéressante de constater que Wallace est l’auteur le plus cité par Darwin dans son ouvrage. Russel a également proposé le concept de barrière géographique empêchant la reproduction comme un mécanisme rapide d’évolution. Il a également montré que chaque espèce apparaît dans le temps et dans l’espace de façon concomitante avec une autre espèce proche. Ça s’appelle l’effet Sarawak… Wallace avait donc à peu près les même idées que Darwin, mais les siennes n’ont pas été retenues lorsque les scientifiques se sont interressés à l’évolution en 1930. Ils ont pas dû prendre tout les bouquins sur l’étagère.

Tout ça pour dire que l’évolution est un fait prouvé accepté par (presque) tout le monde maintenant. Donc bon anniversaire à un de ses papas et une petite pensée émue pour le deuxième qui est si souvent oublié. Darwin est enterré a Westminster Abbey, Wallace dans un coin paumé du Dorset, tâchons au moins de ne pas l’oublier…